В ГКУ «Курганское областное бюро судебно-медицинской экспертизы» имеются следующие структурные подразделения:
- отдел судебно-медицинской экспертизы трупов (в его составе Курганское городское отделение СМЭ трупов, районные обособленные подразделения и судебно-гистологическое отделение),
- отделение судебно-медицинской экспертизы потерпевших, обвиняемых и других лиц,
- судебно-химическое отделение,
- судебно-биологическое отделение,
- медико-криминалистическое отделение,
- отдел организационно-методической работы,
- отдел особо сложных (комиссионных) экспертиз
